Fernando Bouza Álvarez é Doutor em História Moderna pela Universidad Complutense de Madrid, onde defendeu uma tese de doutoramento sobre Filipe II e a integração de Portugal na Monarquia Hispânica (1986). É professor catedrático na mesma instituição desde 2005, tendo leccionado também na École des Hautes Études en Sciences Sociales, na Johns Hopkins University, na University of California, Berkeley, e na Universidade de São Paulo. Foi chaire d'État no Collège de France. É actualmente director da revista Cuadernos de Historia Moderna. 

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Fernando Bouza Álvarez tem-se dedicado ao longo da carreira à história cultural e política da Alta Idade Moderna e à história do livro e da leitura em Espanha, entre outras problemáticas. Coordena, desde 2021, o projecto Las prácticas culturales de las aristocracias ibéricas del siglo de oro: en los orígenes del cosmopolitismo altomoderno (siglos XVI-XVII).